Na początku XX stulecia powstało nowe centrum kultu MBNP w Krakowie, w Podgórzu, gdzie od 2 sierpnia 1903 zamieszkali redemptoryści. W tym to dniu wprowadzono uroczyście obraz MBNP i ta data jest początkiem tutejszego sanktuarium Matki Bożej pod tym wezwaniem. Zanim powstała okazała maryjna świątynia, tymczasowa kaplica klasztorna stała się miejscem, z którego na cały Kraków i Diecezję Krakowską zaczął promieniować kult i szczególna opieka Tej, która zechciała tu przybyć i pozostać w swym obrazie jako Matka Nieustającej Pomocy.

Krakowowi, a szczególnie Podgórzu, było potrzebne takie miejsce. Jedna tylko parafia obejmowała ok. 20 tys. ludności Podgórza, samo miasto i 10 okolicznych wiosek. Byli to ludzie zatrudnieni przeważnie w powstałych na miejscu różnych zakładach przemysłowych. Doświadczali oni nie tylko dobrodziejstwa pracy, ale i wyzysku ze strony pracodawców, właścicieli owych zakładów, i stąd byli podatni na lewicowe wpływy wyzwoleńcze, zwłaszcza socjalistyczne. Sytuacja taka stwarzała również problemy religijno-moralne.

Kardynał Puzyna, ówczesny arcypasterz Diecezji Krakowskiej, wielki czciciel MBNP i przyjaciel redemptorystów - tak pisał w 1901 r. do o. Bernarda Łubieńskiego: "Osiedlenie Ojców św. Alfonsa w Diecezji Krakowskiej będę uważał jako dowód Opatrzności - łaski Pana Boga. Diecezja najbardziej wysunięta na zachód, lud rozbudzony, ale biedny, więc przystępny agitacji socjalistycznej, potrzeba zatem czujnej opieki duchowej".

Opiekę tę od 1903 zaczęli sprawować nie tylko redemptoryści, ale przede wszystkim Matka Boża czczona w obrazie Nieustającej Pomocy. Obraz ten, przywieziony z Rzymu przez o. Łubieńskiego, pobłogosławiony został (18 kwietnia 1903, nr 2733) osobiście przez papieża Leona XIII, który głęboko rozumiał problemy ludzi pracy i dał temu wyraz w słynnej encyklice Rerum Novarum.

Ogromną życzliwość arcypasterza diecezji, całego duchowieństwa oraz wiernego ludu Krakowa i Diecezji odczuli stróżowie powstającego sanktuarium MBNP, szczególnie przy budowie kościoła. We wrześniu 1904 r. założono fundamenty pod nową świątynię, która miała powstać w stylu neogotyckim, wg planów inż. Zubrzyckiego. Zasadnicza budowa trwała tylko dwa lata, albowiem już 8 września 1906 bp Anatol Nowak, w zastępstwie nieobecnego kard. Jana Puzyny, dokonał konsekracji tej okazałej świątyni. Byli oczywiście różni ofiarodawcy i fundatorzy. Kronikarz klasztoru zanotował jednak, że koszt budowy kościoła w zdecydowanej części był pokrywany z nabywanych przez ludzi obrazków MBNP - przy okazji misji i rekolekcji prowadzonych w okolicy przez redemptorystów.

Takie to były początki sanktuarium MBPN w Podgórzu. Stworzyła je Opatrzność Boża, szczególna obecność Matki Bożej w łaskami słynącym obrazie, ale również i gorliwość apostolska i maryjna pasterzy krakowskiego Kościoła oraz szczera wiara i pobożność ludu Bożego. Gdyby nie ten cudowny początek, nie nastąpiłby dalszy rozwój i promieniowanie podgórskiego sanktuarium MBNP.

Pomyślne początki kultu MBNP w Podgórzu w r. 1903 stały się jakby ziarnem pszenicznym rzuconym na urodzajną glebę krakowskiego Kościoła.

Najpierw poświęcono MBNP każdy 8 dzień miesiąca. Napływ ludzi na te nabożeństwa był duży, gdyż odpowiadały one ich potrzebom duchowym i doczesnym. Tego samego, pod koniec października, założono przy kaplicy w Podgórzu Bractwo MBNP i św. Alfonsa. Do końca 1903 wpisało się 880 osób, a do 1960, kiedy to dokonano ostatniego wpisu - liczba członków Bractwa osiągnęła imponującą liczbę 56 630 osób. Widnieje pośród nich nazwisko ks. bpa Anatola Nowaka, wielu księży diecezjalnych i całe roczniki alumnów krakowskiego Seminarium Duchownego.

Przy większych ośrodkach kultu MBNP już od 1868 zaczęły powstawać stowarzyszenia czcicieli Maryi. Na prośbę generalnego przełożonego redemptorystów o. Maurona, wikariusz Stolicy Apostolskiej zatwierdził specjalnym dekretem z 1871 stowarzyszenie czcicieli MBNP i św. Alfonsa, które 5 lat później Pius IX podniósł do rangi arcybractwa. Miało ono na celu rozwijanie praktyk religijnych, pobożności maryjnej, ale również naśladowanie cnót Maryi, zwłaszcza Jej miłości ku Bogu i bliźnim. Było to poniekąd wezwanie i zobowiązanie do niesienia wespół z Matką Bożą pomocy ludziom znajdującym się w wielorakich potrzebach. O dynamicznym rozwoju arcybractwa świadczy fakt, że pod koniec drugiego dziesięciolecia XX wieku liczyło ono w skali ogólnokościelnej ponad 1 100 centrów, a liczbę członków określano na kilkanaście milionów.

Bractwo miało swoje specjalne nabożeństwa ku czci MBNP. Organizowano je zazwyczaj w każdą drugą niedzielę miesiąca, a stały się one ulubionymi i licznie uczęszczanymi nabożeństwami maryjnymi. W relacjach, jakie się zachowały z niektórych polskich parafii zaznaczono wyraźnie, że po kilku latach działalności bractwa poziom życia religijnego ludzi wyraźnie się podniósł, zmniejszyło się pijaństwo, wzrosła niedzielna frekwencja na Mszy św. Podobne dobre skutki religijno-moralne dały się zaobserwować również w krakowskim Podgórzu i wszędzie tam, gdzie rozkwitał kult MBNP.

Krakowskie sanktuarium gromadziło rzesze czcicieli Matki Bożej na wszystkie maryjne święta, a szczególnie w odpustowy dzień MBNP 27 czerwca. Z Krakowa i okolicy przybywali czciciele Maryi, by w dniu Jej szczególnego święta dostąpić odpustu i polecić wszystkie swoje sprawy Tej, która nieustannie pomagać jest gotowa.

Zaczęła się wytwarzać praktyka pisania próśb i podziękowań, które składano przed świętym obrazem, a następnie odczytywano publicznie w maryjne święta i w drugie niedziele miesiąca. Napływały też podziękowania za otrzymane łaski od czcicieli Maryi zamieszkałych w różnych, nawet odległych od Krakowa miejscowościach naszego kraju.

Mnożyły się również wota, zwłaszcza srebrne, większe czy mniejsze serduszka jako widoczny, materialny dowód wdzięczności za otrzymane łaski. Inwentarze przedwojenne wykazują łączną liczbę wot sięgającą prawie 2 tys. Zawierucha wojenna oraz inne "złe przygody" zmniejszyły tę liczbę, lecz i tak blisko 1 tys. takich właśnie znaków wdzięczności świadczy obecnie, iż nikt na próżno Matki Bożej nie wzywa. Najkosztowniejszym i najokazalszym wotum pozostanie - mamy nadzieję, na długie czasy - sama świątynia i piękny jej ołtarz, stanowiący godny tron Matki Nieustającej Pomocy. Powstały one przecież w przeważającej mierze z dobrowolnych składek czcicieli Maryi. Warto również przypomnieć wzruszający fakt, że sam obraz rzymski MBNP ufundowały ze swych oszczędności dwie zacne służące z Wieliczki. Koszt takiego obrazu wynosił wówczas ok. 150 koron austriackich. Nie była to wprawdzie zawrotna suma, gdyż dla porównania można podać, że w tym mniej więcej czasie majster murarz zarabiał 4-8 koron dziennie, dla zwykłych służących była to jednak duża ofiara.

Nie można też pominąć milczeniem faktu, że wśród licznych rzesz pielgrzymich, jakie przewinęły się przed podgórskim obrazem MBNP, znalazł się podczas wojny obecny Ojciec Święty, wówczas pracownik fabryki Solway - Karol Wojtyła. Wspomniał o tym w Rzymie, w przemówieniu do pielgrzymki z parafii redemptorystów w Podgórzu: "Ten kościół był moim kościołem, tam modliłem się prosząc Matkę Bożą Nieustającej Pomocy, która króluje w tamtejszym sanktuarium".