Pierwszy kościół prawdopodobnie zbudowano z kamienia pod wezwaniem św. Leonarda. Ten obiekt był zbyt mały, dlatego w kilka lat później po wizytacji Łaskiego wzniesiono obok duży kościół drewniany pw. Wniebowzięcia NMP, w którym umieszczono obraz Matki Bożej. Fakt ten zdają się potwierdzać badania historyków sztuki datujących na początek XVI w. pochodzenie łaskami słynącego obrazu Madonny Pajęczańskiej. Pierwszy opis cudów odnotowano 25 marca 1533 r. i dotyczył uzdrowień z nieuleczalnych chorób. Innym znanym faktem było cudowne uwolnienie z niewoli pogańskiej Jana Koniecpolskiego, który zeznał wobec świadków, iż miało to miejsce po zawierzeniu się Matce Bożej Pajęczańskiej. Wyrazem uzyskanych łask były liczne wota zawieszane wokół obrazu, co czyniono w sposób nieprzemyślany, doprowadzając do jego uszkodzenia. Z tego powodu w roku 1539 oddano go do renowacji. O sławie ikony Pajęczańskiej pisał ks. A. Fridrich, który zaznaczył, iż "prawie każdej niedzieli przy tym obrazie znakomite działy się cuda za sprawą Matki Najś[więtszej] nad wszystkimi chorymi, cierpiącymi, umierającymi, umarłymi, ślepymi, zdesperowanymi, pozbawionymi mowy, którzy ze wszystkich stron napływali". Rzesze pątników spowodowały, iż w drugiej połowie XVI w. powstał w Pajęcznie przytułek dla ubogich, gdzie zatrzymywali się pielgrzymi. Na początku następnego stulecia erygowano Bractwo Ubogich NMP wraz prebendą, której fundatorem i pierwszym promotorem był ks. Jan Pruszek propagujący nabożeństwo różańcowe. Jego następca ks. Jan Dubielowicz doprowadził do restauracji altarii, pozyskując dla niej przywileje odpustowe papieża Klemensa X. Gorliwym propagatorem kultu Maryjnego był ks. Rafał Kazimierz Arteński, założyciel księgi, w której spisywano członków bractwa, historię cudownego obrazu NMP Pajęczańskiej